Sinh ra ở Lisbon, con trai của vua Afonso V của Bồ Đào Nha và hoàng hậu, Isabella của Coimbra, John II đã kế vị cha mình làm quốc vương Bồ Đào Nha năm 1477, khi vua cha thoái vị và ở tại một tu viện, nhưng chỉ trở thành vua vào năm 1481 sau cái chết của cha và người tiền nhiệm.

Khi là một hoàng tử, John II đi cùng cha mình trong các chiến dịch chinh phạt ở Bắc Phi và được làm hiệp sĩ sau khi chiến thắng trong cuộc chinh phục Arzila năm 1471. Năm 1473, ông kết hôn với Leonor ở Viseu, một con của Bồ Đào Nha và người anh họ đầu tiên của ông.

Ngay cả khi còn nhỏ, John không phải là người nổi tiếng trong số những người bạn của vương quốc kể từ khi anh ta được miễn nhiễm với ảnh hưởng từ bên ngoài và dường như khinh miệt mưu đồ. Các quý tộc (bao gồm cả người anh em họ thứ hai Ferdinand II, Công tước Braganza) sợ các chính sách tương lai của ông là vua.